La entidad se fundó el 6 de marzo de 1944 como Club Marítimo de Melilla, siendo José Ochoa Benjumea el primer presidente. La inauguración oficial se celebró el día 13 de agosto de 1944.

Por concesión de S.M. El Rey Juan Carlos I, de 29 de septiembre de 2006, se le otorgó el título de Real, pasando su denominación a ser la actual de Real Club Marítimo de Melilla, como consolidación de una importante implantación social dentro de la propia ciudad autónoma.

El Real Club Marítimo de Melilla, en sus ochenta años de historia, ha tenido diecisiete presidentes, cargo que actualmente ostenta Jerónimo Pérez Hernández, además de haber nombrado a un presidente de honor, en este caso Manuel Ángel Quevedo Mateos, que ha sido el presidente que más tiempo ha mantenido el cargo.

En la última década ha experimentado una notable expansión, modernizando prácticamente la totalidad sus instalaciones, desde una nueva Portería y Secretaria, hasta la remodelación total de su primer edificio social, reconvertido ahora en Sala de Exposiciones, Sala de Conferencias y Usos Múltiples, así como una Biblioteca y Sala de Lectura.

De igual forma, años atrás, también renovó por completo el espigón que databa del año 1924, para ampliar la zona de servicios.

En la actualidad, se trabaja en el más ambicioso de los proyectos que hasta el momento se han llevado a cabo, la construcción de una Piscina Cubierta, spa, gimnasio y pistas de pádel.

A nivel social, la entidad cuenta con más de seis mil socios, habiéndose integrado plenamente en todos los segmentos de la sociedad melillense.

El Real Club Marítimo de Melilla cuenta con importantes regatistas que han sido campeones de España, que han competido en regatas nacionales e internacionales, junto a una destacada presencia en el ámbito nacional del pádel.